Dalla costituzione la Società si è organizzata con una Direzione Centrale a Milano e una serie di sedi provinciali e locali attive fino all'inizio del XX secolo. La Direzione Centrale ha avuto sede nel Palazzo Arcivescovile di Milano, in Piazza Fontana 2 e, quindi, dal 1955, in Piazza Duomo 20 e, dal 1991, in via Ripamonti 35, dove oggi si trovano gli uffici, il salone delle conferenze, e la Biblioteca e l'Archivio Storico.