Dalla costituzione la Società si è organizzata con una Direzione Centrale a Milano e una serie di sedi provinciali e locali attive fino all’inizio del XX secolo.
La Direzione Centrale ha avuto la prima sede il 6 dicembre 1861 nel Palazzo Arcivescovile di Milano, in Piazza Fontana 2 fino al 12 novembre 1955, quando viene inaugurata la seconda sede in Piazza Duomo 20, in un palazzo della Curia.
Dalla fine del 1991 la Società si è trasferita in via Ripamonti 35, nel palazzo dell’Agricoltura. Dal 2014 al 2019 la sede è stata trasferita sempre a Milano, in Viale Isonzo 27, dove sono stati ubicati gli uffici, il salone delle conferenze, oltre alla Biblioteca e l’Archivio Storico, fino alla collocazione del patrimonio librario ed archivistico presso la Biblioteca Nazionale Braidense.
L’attuale sede legale della Società Agraria di Lombardia è a Milano in Viale E.Forlanini 23.